In het grootste deel van het Bos t'Ename wordt de natuur nu volledig de vrije hand gegeven. Dit betekent dat daar bijna alleen nog natuurlijke processen doorgaan.

In een kleiner deel van het bos wordt het traditioneel middelhoutbeheer verdergezet. Dit betekent dat de dichte hakhoutlaag om de 12 jaar wordt gekapt en elke keer opnieuw uitschiet. Zaden van de enkele overblijvende bomen, plus de omringende planten en bomen kunnen nu vrij kiemen, en hierdoor ontstaat een zeer gevarieerde flora.