Sinds de inhuldiging in september 1997, viel het Tijdsvenster te Ename reeds tweemaal in de prijzen. Het project ontving in januari 1998 de Gouden Scarabee voor de beste archeologische presentatie in de Benelux, en werd in september 1998 bekroond met de Vlaamse Monumentenprijs 1998.

Het pam Ename werd genomineerd voor de Museum of the Year Award 2001, en het Tijdsvenster in de kerk werd in 2004 bekroond met de innovatieprijs van de Vereniging voor Geschiedenis en Informatica (NL).